A会社の代表取締役(以下「甲」と言います)個人所有の
不動産をA会社が買い受ける場合、会社と甲との取引に基
づき不動産の名義変更の登記を申請する場合には、取締役
会設置会社であれば取締役会の、取締役会非設置会社であ
れば株主総会による当該取引に関する承認が必要となりま
す。

何故か?
会社法第356条及び会社法第365条に規定があり、
取締役は会社の利益の為に働くべき、と言う会社法上の
考え方に基づきます。
株主もAのみ、代表取締役(取締役)もAのみ、であって
も、上記の不動産の名義変更に際しては取引の承認に関す
る書面が必要となります。何故なら、法務局の登記官にお
いては書面上での形式審査をする為です。

こう言う身内間での取引については様々な場合において
上記の取締役会又は株主総会による承認決議が必要となり
ますので注意が必要です。